over 4 years ago

jspr 是美國普渡大學的 Wen Jiang 教授團隊所開發的單顆粒重組( single particle reonstruction)軟體包,一直以來我同事都是在Windows 上面開 Virtual box ,跑該團隊所提供的 ova 檔案裡面的 linux系統。但是跑顆粒重組本身是很耗能的事情,在虛擬機器上跑效能一定不會太好,所以我今天幫我同事在原生的 linux 系統上弄了一樣的環境給他用。原本以為一切順利,但是最後他要跑最重要的 reconstruction 的步驟的時候,在 terminal 出現了這樣的錯誤:

  File "/home/alanfan101/cryoem/x86_64/jiang/jspr.py", line 1417, in createBTSession
    import libtorrent
ImportError: libboost_system.so.1.53.0: cannot open shared object file: No such file or
directory

查了一下,發現這個libtorrent在軟體解壓縮後的目錄中的cryoem/x86_64/lib64cryoem/x86_64/lib都有,如果使用ldd去查詢,會發現:

[user@linux lib]# ldd libtorrent-rasterbar.so
    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffd51ff000)
    libboost_system.so.1.54.0 => not found
    librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007f25a579d000)
    libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f25a5580000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib64/libstdc++.so.6 (0x00007f25a527a000)
    libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f25a4ff5000)
    libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f25a4c61000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003044c00000)
    libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007f25a4a4b000)

嗯,沒錯就是少了這個libboost_system.so.1.54.0。但是 Wen Jiang 的團隊號稱這個 jspr 軟體包,是自給自足,什麼都有啊。於是我去找了他們提供的 ova 映像檔,去查裡面那個可以動的版本,到底是去哪裡找libboost_system.so.1.54.0的。一查,發現居然就在cryoem/x86_6x/lib下面,原來,應該只是忘記在自己的 .bashrc下面 source 他們提供的bashrc設定而已,虛驚一場!

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