整理一下四月在工作上遇到的一些開發瓶頸，以及其解法。大部分都是跟linux或者c++有關。
GSL篇
GSL，也就是 GNU Scientific Librarary 是一個號稱可以取代 Numerical Recipe 的科學計算函示庫。
安裝篇
如果是在國網上，不可能取得 sudo 安裝在 /usr/local/lib/，所以要另外找地方放，例如自己開一個 ~/local/。安裝步驟如下
./configure --prefix ~/local/
make
make install
安裝後
附加新的 LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/local/lib/
compile的時候要加上的flag
-lgsl -lgslcblas -lm
MPI 篇
重新載入 .bashrc
以前都以為改完 .bashrc之後要重登才會生效(其實確實也是如此)，不過其實有偷吃步，可以直接執行
. ~/.bashrc
就可以重新載入了
LINUX 主機管理篇
我們實驗室自己的機器，不知道為什麼從半年前開始就無法 sudo ，系統說 /etc/sudoers 這個檔案壞掉了。麻煩就麻煩在，因為 sudo 壞掉了，所以要修一定要用 root；但是為了安全因素，我們的機器根本沒有啟用 root ，最後發現可以在開機的時候按住 shift 進入 GRUB menu，然後有 root 模式可以用。講起來好像很容易，不過我們的主機實體是託管在中研院地下三樓的機房裡面，所以還是特地去了三次，才把問題解決。
進到了 root 模式之後，按照系統的錯誤訊息，照理來說執行 chmod 0440 sudoers就好，結果系統又說 file system read-only，靠夭，這是什麼巫術？
mount -o remount,rw /
不要問我這是怎麼辦到的，總之就是 magic！
remount好之後，再跑 chmod 0440 /etc/sudoers即可
另外筆記一下，我發現被限制用 ssh 登入的帳號，也就是只能先用一般帳號登入再su過去的帳號，不能用 screen。
釋放swap
先查詢swap所在地點
swapon -s
假設查出來是 /dev/sda5/，接下來先執行
sync
然後執行
swapoff /dev/sda5/; swapoff /dev/sda5/
大功告成！可以跑top檢查一下是否已經釋放成功。
jspr 是美國普渡大學的 Wen Jiang 教授團隊所開發的單顆粒重組（ single particle reonstruction）軟體包，一直以來我同事都是在Windows 上面開 Virtual box ，跑該團隊所提供的 ova 檔案裡面的 linux系統。但是跑顆粒重組本身是很耗能的事情，在虛擬機器上跑效能一定不會太好，所以我今天幫我同事在原生的 linux 系統上弄了一樣的環境給他用。原本以為一切順利，但是最後他要跑最重要的 reconstruction 的步驟的時候，在 terminal 出現了這樣的錯誤：
File "/home/alanfan101/cryoem/x86_64/jiang/jspr.py", line 1417, in createBTSession
import libtorrent
ImportError: libboost_system.so.1.53.0: cannot open shared object file: No such file or
directory
查了一下，發現這個libtorrent在軟體解壓縮後的目錄中的cryoem/x86_64/lib64和cryoem/x86_64/lib都有，如果使用ldd去查詢，會發現：
[user@linux lib]# ldd libtorrent-rasterbar.so
linux-vdso.so.1 => (0x00007fffd51ff000)
libboost_system.so.1.54.0 => not found
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007f25a579d000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f25a5580000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib64/libstdc++.so.6 (0x00007f25a527a000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f25a4ff5000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f25a4c61000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003044c00000)
libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007f25a4a4b000)
嗯，沒錯就是少了這個libboost_system.so.1.54.0。但是 Wen Jiang 的團隊號稱這個 jspr 軟體包，是自給自足，什麼都有啊。於是我去找了他們提供的 ova 映像檔，去查裡面那個可以動的版本，到底是去哪裡找libboost_system.so.1.54.0的。一查，發現居然就在cryoem/x86_6x/lib下面，原來，應該只是忘記在自己的 .bashrc下面 source 他們提供的bashrc設定而已，虛驚一場！
我們group的博後說 Wen Jiang 的 jspr 每次用一陣子都會出error，他只好把linux系統砍掉重裝 @@，我叫他拜託不要再這麼做了！
遇到這個問題，可能會在 terminal 上面看到的錯誤訊息如下：
Traceback (most recent call last):
File "/home/alanfan101/cryoem/x86_64/EMAN2/lib/EMAN2db.py", line 1289, in put
self.bdb.put(key,val,txn=txn)
DBPageNotFoundError: (-30985, 'DB_PAGE_NOTFOUND: Requested page not found')
********** Warning: problem writing ▒U
micrographsq. to importMicrograph.py .
Retrying (0/10)
********** Warning: problem writing ▒U
micrographsq. to importMicrograph.py .
或者
Traceback (most recent call last):
File "/home/alanfan101/cryoem/x86_64/EMAN2/lib/EMAN2db.py", line 1289, in put
self.bdb.put(key,val,txn=txn)
DBPageNotFoundError: (-30985, 'DB_PAGE_NOTFOUND: Requested page not found')
********** Warning: problem writing ▒U
micrographsq. to importMicrograph.py . Retrying
(9/10)
NOT Writing notes, ppid=-1
解法很簡單
rm -rf ~/EMAN2DB
就這樣。雖然如此可能會把記憶在EMAN2裡面的參數消掉，但是這總比把整個Linux系統打掉重來簡單吧？
剛才學弟問我，他不小心砍了機器上面的.ssh資料夾，怎麼辦？
這是新手滿常犯的錯誤，也就是第一次用(S)FTP連上機器太興奮，就把隱藏資料夾也一起都砍了。大部分的東西其實砍了也無所謂，機器會再自動長出來；但也有的東西，例如 .bashrc，砍了也是很麻煩的。 .ssh 我覺得應該也是會自己長回來，不過它的性質跟其他的內建資料夾有點不一樣：它不能動用 root 複製其他使用者的資料夾備份過來就好，因為 .ssh 下面的東西是獨一而二的。說了這麼多，其實重建 .ssh只要三個步驟。
mkdir ~/.ssh
首先當然就是建立資料夾囉
chmod 700 ~/.ssh
給 owner全部的權力，包含執行！
ssh-keygen
接著就是重新產生 key pair。系統會問你一些問題，都按 enter 略過即可。
以上，這樣就完成了。
